公元311年，劉聰兵入洛陽，俘虜司馬熾，不久將其殺死。遠在長安的西晉遺臣們擁立司馬鄴為皇帝。然而西晉此時已經(jīng)沒有任何主動作戰(zhàn)的能力，朝廷剩下的大臣也多是有才無德、崇尚浮華之輩，這些人掌握權柄終將西晉推向覆亡。公元316年，匈奴軍隊攻入長安，俘虜司馬鄴與晉國眾臣，命司馬鄴青衣行酒，執(zhí)戟開道，甚至為漢王劉聰掀開廁蓋。

西晉的尚書郎辛賓不堪其辱，抱著司馬鄴痛哭，劉聰大怒，喝令將其推出斬首。同年年底，司馬鄴終被劉聰殺害，葬處不明。司馬睿在王導等人的幫助下，南渡建立東晉，盡管一些風言風語稱其為牛繼馬后，而東晉一朝始終由門閥把持朝政，皇帝形同虛設。見此情形，北方的乞伏氏、慕容氏、禿發(fā)氏、赫連氏、拓跋氏、沮渠氏等一大批原本忠于西晉的異族勢力也紛紛反晉自立。

東晉皇帝被架空了數(shù)十年，門閥也以此換了好幾撥，終于在元興二年(公元403年)，桓玄篡奪東晉帝位，建立了桓楚政權。恰逢底層出身的軍事將領劉裕，以出色的軍事才能和政治野心，聯(lián)合東晉眾臣合力打擊桓楚政權，耗費十年精力，最終將其消滅。

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平定戰(zhàn)亂之后晉安帝司馬德宗得以復位，但東晉半壁江山的所有實權也落入了劉裕手中。劉裕后將司馬德宗絞死，立其弟司馬德文為傀儡皇帝，消滅司馬休之，殺害司馬文寶、司馬文祖，處死司馬秀熙，將司馬氏子孫玩弄于股掌之上，亦如當年司馬昭篡奪魏室。