孫士毅在鎮(zhèn)南關(guān)，收容逃回的官兵，不到清軍總額的一半，大量的糧械火藥丟失殆盡。從云南開化廳馬白關(guān)出兵，侵入安南宣化鎮(zhèn)的烏大經(jīng)部，遭到農(nóng)民起義軍反擊后，也倉慌逃回國內(nèi)。

安南之役以清朝的失敗而告終。它沒有實現(xiàn)清朝預期的戰(zhàn)略目標“為黎氏復國，消滅阮氏集團。”

安南之役敗北，大批清朝將士殞命安南。乾隆皇帝令敗將孫士毅解任回京，調(diào)福康安補授兩廣總督，相機辦理安南事宜。

“安南之役”兩國交兵，使清前期的清安關(guān)系蒙上了一層陰影。但它并未長久的影響清安關(guān)系的正常發(fā)展。隨著兩國政策的逐步調(diào)整，很快就驅(qū)除了戰(zhàn)爭的陰霾，迎來了兩國關(guān)系發(fā)展的燦爛前景。乾隆皇帝決計不再調(diào)兵進剿安南。?？蛋惨才c乾隆皇帝的想法相吻合。