明朝內(nèi)閣制強化了君主專制制度。內(nèi)閣制度隨著皇權(quán)的高度強化而建立，權(quán)利的來源，由君主所授予，對君權(quán)的制約作用有限。事無大小，內(nèi)閣都要秉承君主的旨意行事，遂成為君主加強專制的工具，因此明代的君主專制比前代尤甚，助長了君主專制。

形成了明代宦官的專權(quán)。明代內(nèi)閣因缺乏法定的地位和權(quán)力，只是政務(wù)的輔助機構(gòu)，通過票擬、修旨來輔政，但大學士的票擬最終要通過皇帝的朱批，而明代的司禮監(jiān)秉筆太監(jiān)掌章奏文書，宣宗時大臣章奏除皇帝親批數(shù)本外，皆由司禮監(jiān)秉筆太監(jiān)參照內(nèi)閣的票擬披紅。宣宗以后，人主怠荒，深居內(nèi)宮，不親政事，不見大臣，又把太監(jiān)當作心腹委以重任，朱批便由秉筆太監(jiān)處理。司禮監(jiān)便凌駕于內(nèi)閣之上，內(nèi)閣權(quán)力僅止于票擬。無論皇帝親自掌權(quán)或者是假手于司禮監(jiān)代批，大學士只能承旨辦事，由是司禮監(jiān)便趁機竊柄專權(quán)。明之閣臣即使有理想，有主張者，也必須先勾結(jié)宦官不可，否則一切政事都受到宦官阻梗，不能上達皇帝，如張居正為有明一代能臣，其任首輔時亦要密結(jié)司禮太監(jiān)馮保，才能策動當時的政事。至于閣臣之不肖者，更爭相諂媚逄迎宦官，助閹為虐，狼狽為奸，助長宦官的氣焰。綜觀明代宦官為禍之烈，實與廢相后，內(nèi)閣無實權(quán)，加上君主過于寵信宦官，使宦官得以居中用事所使然。

演成朋黨傾軋。明之內(nèi)閣上受君主箝制，內(nèi)受宦官操縱，閣臣之欲握權(quán)柄者，皆不免以不光明之手段得之:一方面要交結(jié)內(nèi)監(jiān);另一方面則又須傾軋同列之大學士，遂演成朋黨之禍。即在明代內(nèi)閣權(quán)任處于最高峰時，閣臣間為爭奪”輔“地位，往往互相傾軋，愈演愈烈，甚至不惜朋黨臺諫，依傍宦官，世宗時之嚴嵩任首輔，威權(quán)不可一世，但卻為閣僚徐階所傾到。張居正在萬歷元年出任首輔，也是因為內(nèi)結(jié)司禮監(jiān)馮保，逐高拱得來的。閣臣傾軋之劇烈皆因明代內(nèi)閣沒有正式的權(quán)力，沒有合法的地位而引生的流弊。

導致政風因循。明代閣臣絕大多數(shù)是由進士而翰林，而拜命入閣，他們大都是十年窗下，久在翰林苑，舞文弄墨之士，并無實際的政治經(jīng)驗，一旦入閣，大都昏庸而無識見，閣臣為保官秩，大都庸庸碌碌，而很少勇于任事，敢作敢為。由于明代內(nèi)閣受所處的地位和職權(quán)的限制，權(quán)力由皇帝授予，而宦官又居中竊柄，閣臣于是只能對皇帝唯唯諾諾，對宦官俯首聽命而不敢有違，一輩閣臣都碌碌無能，遂使政風因循腐化。再至張居正之循名責實，積極有為，卻不免被目為越權(quán)專政，非議四起，死后更落得削爵抄家的下場。繼之為政者，懲張居正之敗，多隨俗浮沉以求免禍，唯取媚皇帝以鞏固權(quán)力，于政事則無所主張，政治遂因循積弊，日甚一日。

總而言之，“有明之無善治，自高皇帝之罷相始也”。在某程度上是有其道理的。因為沒有宰相，令皇權(quán)失卻制衡;加上內(nèi)閣無合法性;故無實權(quán);事事聽命于皇帝，造成君主獨裁。如遇上昏庸之主，又會導致宦官為禍。而且內(nèi)閣首輔為求爭取權(quán)力，往往依附宦官，排擠異己，更助長了宦官的氣焰。由此可見，明內(nèi)閣的出現(xiàn)與其政局的發(fā)展有著密切的關(guān)系，而且影響深遠 。