1645年5月，李自成在湖北通山被地方武裝斬殺。由于李自成死的非常突然，對繼承人沒有任何的安排。以至于此時剩下的東西兩路農(nóng)民軍立刻陷入群龍無首的局面，再加上核心人物劉宗敏被殺、牛金星投降，更是雪上加霜。在此之后，明清雙方對這些農(nóng)民軍的拉攏就開始了。

一、東路農(nóng)民軍大半投靠了清廷

李自成意外被殺以后，他親自率領(lǐng)的東路農(nóng)民軍立刻陷入了群龍無首的局面。當(dāng)時農(nóng)民軍中的田見秀、郝?lián)u旗、王進(jìn)才、張鼎等人各有自己的勢力，每個人手上都有那么兩三萬人的軍隊(duì)。這些人的軍隊(duì)加在一起達(dá)到了21萬，但是這些人沒有統(tǒng)一的指揮，各個將領(lǐng)誰也不服誰。這些人為了躲避清軍的打擊撤進(jìn)了湖南地區(qū)，當(dāng)時明朝的湖廣總督何騰蛟在長沙，而清朝的湖廣總督佟養(yǎng)和在武昌。農(nóng)民軍初入湖南時，被何騰蛟當(dāng)成了地方流寇予以打擊?？山Y(jié)果卻是前去進(jìn)剿的明軍被暴打，逃回來的明軍士兵報告說“看到了大順的旗幟，而且人數(shù)鋪天蓋地?！?0多萬人不鋪天蓋地才怪。

此時何騰蛟手里只有2萬多軍隊(duì)，根本不是農(nóng)民軍的對手，聽到消息以后何騰蛟十分恐慌。不過此時的農(nóng)民軍已經(jīng)什么都沒有了，他們開始和何騰蛟商議聯(lián)合抗清。當(dāng)年的七月，何騰蛟和農(nóng)民軍達(dá)成了協(xié)議共同抗清。但處于崇禎皇帝之死和傳統(tǒng)的教育偏見，何騰蛟、章曠等地方大員對農(nóng)民軍并不信任，對后勤補(bǔ)給也是一拖再拖。與此同時，清軍在湖北的主力已經(jīng)撤回北方，英親王阿濟(jì)格也回到北京避暑去了，此時的湖北地區(qū)只有佟養(yǎng)和指揮的7000清軍和2萬多明朝降軍。這是收復(fù)湖北絕佳的機(jī)會，但是何騰蛟沒有能把握住，反而讓清廷掌握了主動權(quán)。佟養(yǎng)和以不必剃發(fā)為誘餌，引誘湖南的農(nóng)民軍前往湖北。結(jié)果除了王進(jìn)才和郝?lián)u旗繼續(xù)留在湖南效忠南明之外，其余張鼎、田見秀等人全部開向了湖北，10多萬農(nóng)民軍就這么成了偽軍。東路的農(nóng)民軍解體，力量對比立刻發(fā)生了大逆轉(zhuǎn)。

二、西路農(nóng)民軍開始效忠南明

李自成死了以后，駐守陜北和寧夏地區(qū)的農(nóng)民軍也開始南撤，這就是西路軍。西路農(nóng)民軍的路線與東路軍相仿也是進(jìn)入了兩湖地區(qū)，此時清廷的手先伸了出來，先后六次招降西路軍。但西路軍的李錦和高一功二人沒有像東路軍那樣投降，他們選擇了和南明隆武朝聯(lián)合。此時西路軍的兵力在15萬左右，還是一直很有戰(zhàn)斗力的軍隊(duì)。福建方面的南明朝廷又是吵翻了天，很多迂腐的文官說“李賊破北京，罪不可赦，其同黨豈可封拜?”這都什么時候了!大明朝從北京敗到南京，又從南京敗到福建，這些文官想著剿滅流寇。最后還是隆武皇帝英明睿智，下詔封李錦為興國侯，改名為李赤心，高一功改名為高必正，就這樣南明歷史上大名鼎鼎的忠貞營成立了。

既然效力了南明，為要為南明王朝干活。1646年正月，南明方面兵分兩路準(zhǔn)備收復(fù)湖北，何騰蛟出岳州進(jìn)攻武昌，另一位明朝大員堵胤錫統(tǒng)帥忠貞營進(jìn)攻荊州，最后兩軍會師在長江北岸。何騰蛟對大明朝忠心耿耿，但是能力確實(shí)不咋滴。他率領(lǐng)明軍在途中遇到了明軍敗兵，敗兵言到“滿洲大軍已到”，何騰蛟聽后立刻下令撤退。其實(shí)這支清軍只有2000多人，大隊(duì)還距離很遠(yuǎn)，最后何騰蛟連軍事重地岳州都丟了。這些事情，正在圍攻荊州的軍隊(duì)毫不知情。二月初三，正在圍攻荊州的忠貞營身后出現(xiàn)了大股清朝騎兵，由于忠貞營沒有任何的防備，被清軍里外合擊大敗而退。

三、南明朝廷控制的湖南地區(qū)喪失

在傳統(tǒng)史料中一直把何騰蛟捧在一個很高的地位，都不相信忠臣也會誤國，但是忠心耿耿但能力低下的官員在南明歷史上屢見不鮮。1646年7月，湖北的清軍主力又回北方避暑了，何騰蛟決定再次北伐收復(fù)湖北。此次準(zhǔn)備的非常充分，明軍水路并進(jìn)、聲勢很大。只可惜明軍遭到了幾百清軍騎兵的襲擊，就以為是清軍大隊(duì)到了，開始瘋狂的撤退。由于湖南方面的明軍總在夏天清軍北上避暑時北伐，搞得清廷疲于應(yīng)付。1647年二月，清廷派出了恭順王孔有德率領(lǐng)清軍進(jìn)攻湖南。其實(shí)孔有德率領(lǐng)的軍隊(duì)大多是都是明朝的降軍，只有四分之一的八旗兵。

清軍南下長沙，當(dāng)時長沙的防御十分薄弱，王進(jìn)才(原來的農(nóng)民軍將領(lǐng))保護(hù)何騰蛟殺出重圍，乘船向衡州撤退。一個月之后，衡州又被清軍攻陷，何騰蛟再次撤退到了永州。截止當(dāng)年八月，除了湖南南部還在南明的控制下外，湖南的北部、中部相繼淪陷。從1645年開始，本來抓了一手好牌的何騰蛟卻在兩年不到的時間里，輸?shù)檬歉筛蓛魞?，連老本湖南都搭進(jìn)去了。在此以后南明在湖南的殘余力量，有的撤往貴州，有的撤往廣西。