乾隆二十年(1755年)四月，清軍奔襲伊犁，粉碎了準(zhǔn)噶爾汗達瓦齊的叛亂，被準(zhǔn)噶爾汗羈縻于伊犁的回部大和卓布拉尼敦、小和卓霍集占獲得解救，歸附清廷。爾后，清廷派兵護送布拉尼敦回到舊都葉爾羌，統(tǒng)領(lǐng)舊部;將霍集占留于伊犁，掌管回部事務(wù)。當(dāng)年秋，輝特汗阿睦爾撒納起兵叛清，霍集占率眾助逆，以圖獨主回疆。二十一年(1756年)，清軍收復(fù)伊犁，霍集占返回葉爾羌，徘徊觀望。

二十二年(1757年)四月，霍集占自立為巴圖爾汗，傳檄各城首領(lǐng)，召集兵馬，準(zhǔn)備與清軍作戰(zhàn)。庫車、拜城、阿克蘇3城之阿奇伯木克、如鄂對等人，不肯從叛，奔伊犁報告并請求支援。時駐伊犁定邊右副將軍兆惠正與阿睦爾撒納作戰(zhàn)，派副都統(tǒng)阿敏道率兵前去彈壓。五月，霍集占擊敗清軍，殺阿敏道。

清朝兩征準(zhǔn)噶爾、一定回部，統(tǒng)一天山南北的戰(zhàn)爭歷時五年，至此大功告成。其中有乾隆帝的運籌帷幄，數(shù)萬將士的浴血奮戰(zhàn)，還得到維吾爾族地方首領(lǐng)和各地民眾的支持。戰(zhàn)后被列入平定西域紫光閣前后五十功臣的維吾爾族地方首領(lǐng)依次有吐魯番的額敏和卓、烏什的霍集斯、庫車的鄂對、哈密的玉素富、和闐的阿什默特、喀什噶爾的噶爾默特。