十七世紀(jì)中葉，中國(guó)處在一個(gè)政治極其動(dòng)蕩的大變局時(shí)代。1644年3月，農(nóng)民領(lǐng)袖李自成率領(lǐng)起義軍攻入北京，推翻了明朝。5月，興起于白山黑水之間的清攻入了山海關(guān)，趕走了李自成。自此，中國(guó)歷史上最后一個(gè)封建王朝建立。在此后一百多年間，清歷經(jīng)順治、康熙、雍正、乾隆四帝，前清不僅先后剿滅了各地的農(nóng)民起義及明朝的殘余勢(shì)力，還平息了吳三桂的叛亂，統(tǒng)一了臺(tái)灣。清朝的一系列政策措施，使飽受戰(zhàn)亂破壞的社會(huì)經(jīng)濟(jì)得到了逐步恢復(fù)，中國(guó)也進(jìn)入了一個(gè)新的穩(wěn)定發(fā)展時(shí)期。

而同一時(shí)期的新疆，同樣也處于你爭(zhēng)我奪的封建割據(jù)狀態(tài)。先是稱雄西北強(qiáng)盛一時(shí)的蒙古斡亦喇惕部在首領(lǐng)也先死后沉寂了一百年之后，終于恢復(fù)了元?dú)?，繼續(xù)活躍在西北廣袤的草原上。

在清軍入關(guān)的同時(shí)，蒙古的準(zhǔn)噶爾部逐漸強(qiáng)大起來。他們?cè)谑最I(lǐng)巴圖爾渾臺(tái)吉率領(lǐng)下，準(zhǔn)噶爾部逐步取代了衛(wèi)拉特蒙古的和碩特部而成為了各部落的首領(lǐng)。準(zhǔn)噶爾部不但逼迫衛(wèi)拉特蒙古中的土爾扈特部和和碩特部的主要部落遷往別處，而且還先后打敗了周圍的哈薩克、柯爾克孜人，統(tǒng)治著北起額爾齊斯河和鄂畢河中游，南到天山，包括巴爾喀什湖以東以南的廣大區(qū)域，成為了中國(guó)西部地區(qū)一個(gè)強(qiáng)大的地方政權(quán)。

1665年(清康熙四年)，巴圖爾琿臺(tái)吉去世，他的兒子僧格繼位。1671年，僧格被他的同父異母兄弟策臣汗和巴圖魯殺害。不久，策臣汗和巴圖魯又被他們的部眾殺死。在這種群龍無首的情況下，巴圖爾琿臺(tái)吉的另一個(gè)兒子—僧格的弟弟噶爾丹從西藏趕回來奪取了政權(quán)。噶爾丹把準(zhǔn)噶爾部的大本營(yíng)從塔爾巴哈臺(tái)(今塔城)的和布克賽爾遷到了伊犁河谷。他先后擊敗了一些蠢蠢欲動(dòng)的政敵后，逐步鞏固了自己的統(tǒng)治地位。1679年，噶爾丹自稱博碩克圖汗，請(qǐng)求清政府的承認(rèn)。同時(shí)，噶爾丹部又派兵四處征戰(zhàn)哈薩克、布魯特、諾蓋等部落。1680年，噶爾丹還派兵12萬人越過天山南下，攻占了阿克蘇、烏什、喀什噶爾(今喀什)、葉尓羌(今莎車)等地，滅掉了葉尓羌汗國(guó)，取得了天山南北的統(tǒng)治權(quán)，使準(zhǔn)噶爾部的統(tǒng)治范圍覆蓋了整個(gè)天山南北。1697年，噶爾丹發(fā)動(dòng)了對(duì)抗清政府的叛亂。戰(zhàn)爭(zhēng)失敗后，噶爾丹死亡，僧格的兒子策妄阿拉布坦繼任了準(zhǔn)噶爾部的首領(lǐng)。策妄阿拉布坦、噶爾丹策凌不同于反復(fù)無常的噶爾丹，仍然繼續(xù)派出使臣進(jìn)京，表示繼續(xù)臣屬清朝政府。