"杰斐遜與自由"變成了響亮的共和黨競(jìng)選口號(hào)。此刻，共和黨人已經(jīng)發(fā)展出一套有效的動(dòng)員選民的戰(zhàn)術(shù)和技術(shù)，如印刷傳單、手冊(cè)和報(bào)紙，為宣傳自己的事業(yè)舉行群眾集會(huì)等。而聯(lián)邦黨人還仍然把政治視為是少數(shù)精英分子的事業(yè)，他們因此無(wú)法在動(dòng)員群眾方面與對(duì)手一拼高低。盡管如此，他們?nèi)匀辉谛掠⒏裉m地區(qū)占有絕對(duì)優(yōu)勢(shì)，在大西洋中部各州也有數(shù)量繁多的支持者。杰斐遜最終以73票總統(tǒng)選舉人票擊敗亞當(dāng)斯的65票而獲勝。

就任之前，杰斐遜被迫面臨了一個(gè)不同尋常的憲政危機(jī)。兩黨對(duì)總統(tǒng)選舉都做了安排，要求其中的一名總統(tǒng)選舉人在投票選舉總統(tǒng)時(shí)少投一票，這樣本黨的總統(tǒng)候選人將多得一票，從而勝出(本黨的)副總統(tǒng)候選人。然而指定的共和黨總統(tǒng)選舉人沒有按照這種設(shè)計(jì)來(lái)做。結(jié)果，杰斐遜和他的競(jìng)選伙伴艾倫·伯爾同時(shí)得到了73張總統(tǒng)選舉人選票。在沒有候選人獲得多數(shù)的情況下，選舉結(jié)果將由國(guó)會(huì)眾議院來(lái)裁決，當(dāng)屆國(guó)會(huì)是在1798年選舉的，聯(lián)邦黨人在其中占有微弱的多數(shù)。在前35輪的投票中，兩人沒有一人得到眾議院的多數(shù)票。最終，漢密爾頓進(jìn)行了干預(yù)。他不喜歡杰斐遜，但他相信杰斐遜具有政治家的眼光，不會(huì)在上臺(tái)后肢解聯(lián)邦黨人建立的財(cái)政體系。伯爾在他的眼中，是一個(gè)權(quán)欲熏心的人，"一個(gè)處于胚胎狀態(tài)的凱撒"。

漢密爾頓對(duì)杰斐遜的支持改變了兩黨對(duì)峙的平衡。為了避免危機(jī)的重復(fù)發(fā)生，國(guó)會(huì)和各州迅速接受了憲法第十二條修正案，要求總統(tǒng)選舉人對(duì)總統(tǒng)和副總統(tǒng)分開投票。1800年的總統(tǒng)選舉也開啟了一連串的其他事件，這些事件在此后四年的累積發(fā)展導(dǎo)致了漢密爾頓與伯爾決斗的發(fā)生。伯爾似乎隨后又卷入了一場(chǎng)陰謀，要在西部地區(qū)與美國(guó)和西班牙帝國(guó)相分離的領(lǐng)土上組織建立一個(gè)新的國(guó)家。1807年，他從叛國(guó)罪審判中獲得無(wú)罪釋放，隨后他以自我流放的方式去了歐洲，最終回到紐約開業(yè)當(dāng)律師，直到1836年去世。

18世紀(jì)90年代的事件表明，大多數(shù)美國(guó)人相信普通美國(guó)人有權(quán)積極參與政治，自由地表達(dá)他們的意見，以及對(duì)他們政府的政策提出質(zhì)疑?？的腋竦闹?lián)邦黨人領(lǐng)袖塞繆爾·古德里奇(SamuelGoodrich)寫到，他的黨之所以被推翻，是因?yàn)槊裰饕呀?jīng)變成"人民黨的口號(hào)"了。應(yīng)該給聯(lián)邦黨人加分的是，他們從未拒絕接受選舉的結(jié)果。亞當(dāng)斯坦然接受失敗，開創(chuàng)了政治權(quán)力從一個(gè)落選的政黨向自己的繼任者和平轉(zhuǎn)移的重要先例。