喬治·華盛頓的離職引發(fā)了一場激烈的、圍繞他的繼任者的黨派競爭。在第一場競爭性的總統(tǒng)選舉中，兩套選票鮮明地表明了立場：約翰·亞當(dāng)斯與副總統(tǒng)候選人南卡羅來納州的托馬斯·平克尼(ThomasPinckney)一起代表聯(lián)邦黨人，托馬斯·杰斐遜與紐約州的艾倫·伯爾(AaronBurr)一起代表共和黨人。16個州(佛蒙特、肯塔基和田納西在華盛頓任職期內(nèi)加入了原始的13州)中的大多數(shù)仍由州立法機構(gòu)來挑選總統(tǒng)選舉人。但在總統(tǒng)選舉人由人民直接選舉產(chǎn)生的6個州里出現(xiàn)了緊張激烈的競選活動。亞當(dāng)斯得到了71張總統(tǒng)選舉人票，杰斐遜得到了68張。由于聯(lián)邦黨人內(nèi)部的派別斗爭，平克尼只得到了59張總統(tǒng)選舉人票，所以作為反對黨領(lǐng)袖的杰斐遜成為了副總統(tǒng)。選舉幾乎是以區(qū)域為界進(jìn)行的：亞當(dāng)斯贏得了新英格蘭、紐約和新澤西，杰斐遜贏得了整個南部，并贏得了賓夕法尼亞州。

1797年，亞當(dāng)斯就任這個分裂國家的領(lǐng)袖。他是一個聰明過人但又嚴(yán)肅刻板、固執(zhí)己見并自命不凡的人，甚至一些贊賞他為獨立作出長期貢獻(xiàn)的人也并不喜歡他。他的政府可謂是危機連連。

在國際事務(wù)方面，美國幾乎走到了被卷入連綿不斷的歐洲戰(zhàn)爭的邊緣。作為一個中立國家，美國聲稱有權(quán)與英國和法國進(jìn)行非軍事商品的貿(mào)易，但英法兩國卻都以懲罰為由沒收美國商船。1797年，美國派出特使前往巴黎，希望與法國談判，獲得一個新條約來取代1778年建立的舊盟約，但法國官員卻在談判開始前，向美國人提出了賄賂的要求。亞當(dāng)斯公布了美國特使送回的報告，將要求行賄的法國官員的名字用英文字母表的最后三個字母來表示。這樁"XZY事件"顯然毒化了美國與它舊時盟友的關(guān)系。1798年，美國與法國在公海上卷入了一場"半戰(zhàn)爭狀態(tài)"，法國船只在加勒比海抓捕美國船只，而新擴大的美國海軍則對法國船只不斷進(jìn)行騷擾。美國實際上變成了英國的軍事盟友。盡管漢密爾頓向政府施壓，希望美國對法宣戰(zhàn)，但亞當(dāng)斯在1800年與法國卻達(dá)成了和平協(xié)定。

在國內(nèi)事務(wù)方面，亞當(dāng)斯就不顯得這樣謹(jǐn)慎了。社會動蕩仍然在許多鄉(xiāng)村地區(qū)出現(xiàn)。1799年賓夕法尼亞東南部的農(nóng)場主抵制國會的一項土地和房屋征稅，這項稅收是用來擴充美國的陸軍和海軍。約翰·弗賴斯(JohnFrise)帶領(lǐng)的一群人將被逮捕的人從監(jiān)獄中釋放出來，但亞當(dāng)斯很快派出軍隊前往鬧事的地區(qū)。軍隊以叛國罪的名義抓捕了弗賴斯，并對他的支持者施壓恐嚇和鎮(zhèn)壓，拔掉了他們豎立的自由桿，并嚴(yán)懲了共和黨報紙的編輯。1800年，亞當(dāng)斯特赦了弗賴斯，但這個曾在1796年支持他當(dāng)選的地區(qū)在后來的選舉中再也沒有支持過聯(lián)邦黨人。