“文永之役”以后，為防范元軍再來，幕府進(jìn)一步采取措施，加強(qiáng)防御體制：調(diào)中國地方(指山陰、山陽兩道)御家人駐守長門，調(diào)東國御家人駐守九州，以有戰(zhàn)功者賞相約，動(dòng)員全國“公家”和寺社里的非御家人;任命北條一族人為九州和其他重要國的守護(hù);最后在博多灣沿岸筑起堅(jiān)固石壘。忽必烈在滅南宋(公元1279年)前后，大肆搜刮，進(jìn)行更大規(guī)模的戰(zhàn)爭(zhēng)準(zhǔn)備。他又兩次遣使赴日要求朝貢。北條時(shí)宗兩次斬殺元使，以示繼續(xù)抵抗決心。

弘安4年(公元1281年)忽必烈分兵兩路，一路是從朝鮮派出的東路軍，另一路是從中國江南派出的江南軍。東路軍由忻都、洪茶丘統(tǒng)率蒙、漢、鮮兵4萬人，兵船900艘。江南軍由范文虎指揮10萬人，兵船35000艘。兩路軍約定于6月中旬在壹吱會(huì)合。東路軍首先進(jìn)發(fā)，6月初已進(jìn)入博多灣，占志賀島。日本武士草野次郎、河野通有等曾多次乘小船主動(dòng)出擊，雙方互有損傷。7月初，元兩路軍匯合，下旬元軍主力集結(jié)鷹島。在元軍即將舉行全面進(jìn)攻的前夕——農(nóng)歷7月30日夜，這里又狂風(fēng)大作，兵船大部沉沒，元軍僅一小部分得以生還。于是忽必烈的第二次遠(yuǎn)征又告失敗。

在幕府領(lǐng)導(dǎo)下日本軍民進(jìn)行的頑強(qiáng)抵抗及兩次暴風(fēng)雨對(duì)元兵船的襲擊無疑是使日本贏得勝利的主要因素。至于暴風(fēng)雨，那只是一種自然現(xiàn)象，日本舊史書把這種自然現(xiàn)象說成是“神風(fēng)”、“八幡宮鎬矢西風(fēng)”、“天野明神出陣”等等，顯然是無稽之談。