塞爾柱帝國沿襲阿拔斯王朝和波斯薩曼王朝與突厥伽色尼王朝的政治制度，在蘇丹下設(shè)首相(即維齊爾)，全權(quán)代表哈里發(fā)處理政治、軍事、財(cái)政及宗教事務(wù)。波斯籍維齊爾尼扎姆·穆勒克曾在艾爾斯蘭和馬立克沙執(zhí)政時(shí)，集大權(quán)于一身，在處理國務(wù)中起主導(dǎo)作用。但是由于土克曼人此前為游牧民族，文明定居化時(shí)間并不長久，因此保留了大量游牧民族分封制殘余，比如帝國的各個(gè)省由阿塔貝格(或稱阿塔伯克，Atabeg)管理，ata為突厥語“父親”的意思，beg為突厥語“長官”的意思，兩個(gè)詞連起來讀便是“太傅”，因?yàn)槿麪栔踝釉诩次磺?，需要到各省?dān)任總督鍛煉自身的才能，這些地方長官就起到了教導(dǎo)王子的作用，于是得到了這一稱呼，這些阿塔貝格大多由塞爾柱貴族擔(dān)任，集地方軍政大權(quán)。在經(jīng)濟(jì)上，實(shí)行軍事采邑制，即伊克塔，大部分伊克塔只有使用權(quán)，不得世襲，不過軍事長官的例外，可以世襲蘇丹賜予的土地。

農(nóng)民用實(shí)物繳納田賦，其中一部分上繳國庫。國庫耗巨資開鑿運(yùn)河，修筑大道，開辦郵政驛站，保證東西商道暢通。在宗教上，信奉遜尼派。在帝國境內(nèi)興建大量清真寺，并在巴格達(dá)和內(nèi)沙布爾等地創(chuàng)辦以尼扎姆·穆勒克的名字命名的宗教大學(xué)，重金聘請各地著名學(xué)者任教，傳播遜尼派艾什爾里學(xué)派的教義學(xué)和沙斐儀學(xué)派的教法學(xué)說，培養(yǎng)宗教學(xué)者和政府官吏。

在學(xué)術(shù)文化上，獎(jiǎng)勵(lì)學(xué)者進(jìn)行學(xué)術(shù)研究，著書立說。伊斯蘭教著名學(xué)者安薩里和數(shù)學(xué)家、詩人奧馬爾·海亞姆等皆在朝廷的贊助和支持下完成了他們的學(xué)術(shù)巨著。還新建天文臺(tái)，招聘學(xué)者從事天文實(shí)測和研究，修改了波斯歷法，編成著名的《哲拉勒歷》，比《格列高里歷》還要精確。總體來說，塞爾柱王朝的制度同漢朝、唐朝相似，漢朝開國之初地方有諸多同姓王，唐朝地方則有許多節(jié)度使。