1204年4月，十字軍攻入君士坦丁堡，拜占庭皇帝阿列克修斯五世(濃眉-穆茲菲烏斯)出逃;拉斯卡利斯家族的君士坦丁被部分守軍推舉為皇帝，但君士坦丁無(wú)力組織抵抗，和他的兄弟塞奧多利(前皇帝阿列克修斯三世的女婿)分路出逃到了比塞尼亞的尼西亞城。

按照分贓協(xié)議，十字軍和威尼斯瓜分了拜占廷帝國(guó)，但建都于君士坦丁堡的拉丁帝國(guó)(“羅馬尼亞”帝國(guó))實(shí)力并不強(qiáng)大、無(wú)力控制全部前拜占庭領(lǐng)土，在伊庇魯斯、特拉布松和尼西亞先后建立了拜占廷流亡政權(quán)。其實(shí)，特拉布松帝國(guó)(由前皇帝安德羅尼克斯一世的孫子們建立)在君士坦丁堡第二次陷落(1204年4月)前幾周就已經(jīng)自立。尼西亞帝國(guó)由于距離拉丁帝國(guó)最近，占據(jù)了光復(fù)帝國(guó)的最有利位置。

拉丁帝國(guó)開始分兵“接收”拜占廷帝國(guó)的土地，1204-1205年皇帝鮑德溫一世的弟弟佛蘭德斯的亨利在小亞細(xì)亞半島西北部的Poimanenon(伯曼農(nóng))、Prusa(普魯薩或布爾薩)以及Adramyttium(今天土耳其的埃德雷米特)先后打敗拉斯卡利斯兄弟，在最后一戰(zhàn)中(1205年3月19日)，君士坦丁·拉斯卡利斯戰(zhàn)敗失蹤。但之后不久的1205年4月14日，保加利亞沙皇卡洛揚(yáng)在亞得里亞堡戰(zhàn)役中打敗拉丁帝國(guó)軍隊(duì)，俘獲了鮑德溫皇帝，亨利只得趕回君士坦丁堡(1206年亨利正式接替哥哥，加冕為拉丁帝國(guó)第二任皇帝)。塞奧多利得以趁機(jī)擊敗特拉布松帝國(guó)以及其它獨(dú)立勢(shì)力(包括非拉鐵非城周圍地區(qū)的塞奧多利·曼卡法斯、大門德雷斯河流域的Manuel Maurozomes等)，鞏固了尼西亞政權(quán)在安納托利亞西北部的地盤。1206年，塞奧多利稱帝并邀請(qǐng)流亡的君士坦丁堡牧首John X Kamateros前往尼西亞，但牧首于1206年四五月間去世，未能去尼西亞給他加冕;塞奧多利另立Michael IV Autoreianos為牧首，后者在1208年三月為他正式加冕。

在原拜占庭帝國(guó)疆域內(nèi)，拜占庭流亡政權(quán)、拉丁帝國(guó)、保加利亞王國(guó)和科尼亞的魯姆蘇丹國(guó)(塞爾柱人)頻繁對(duì)戰(zhàn)，當(dāng)然也根據(jù)形勢(shì)變化不時(shí)停戰(zhàn)、結(jié)盟和解盟。1211年，在大門德雷斯河上的安條克戰(zhàn)役中,塞奧多利擊敗妄圖支持阿列克修斯三世重新奪權(quán)的塞爾柱軍隊(duì)(據(jù)說戰(zhàn)役的勝負(fù)最后取決于塞奧多利與塞爾柱蘇丹的對(duì)決，皇帝親手擊殺凱庫(kù)斯老一世Kaykhusraw I)。但是，這一戰(zhàn)役的慘重傷亡使得尼西亞人在RhyndacusRiver敗于拉丁帝國(guó)，并在隨后的南菲宏(Nymphaeum)條約(注：1214年尼西亞和拉丁帝國(guó)的和約)喪失了大部分密細(xì)亞(Mysia)地區(qū)和馬爾馬拉海岸。1212年，隨著特拉布松帝國(guó)大衛(wèi)·科穆寧的死亡，尼西亞帝國(guó)吞并大衛(wèi)在帕弗拉戈尼亞(Paphlagonia)的土地，得以補(bǔ)償損失給拉丁帝國(guó)的土地。

尼西亞皇帝塞奧多利一世的第一位皇后安娜·科穆寧·安吉麗娜1212年去世;1214年他續(xù)娶第二位皇后亞美尼亞公主菲麗帕，但兩人的婚姻于1216年解除(盡管他們育有一位皇子君士坦丁)。1216年，拉丁皇帝佛蘭德斯的亨利駕崩無(wú)嗣，其皇位歸于妹夫庫(kù)爾特耐的彼得(二世)，但彼得在趕赴君士坦丁堡的途中，被伊庇魯斯統(tǒng)治者塞奧多利·科穆寧·杜卡斯(Theodore Komnenos Doukas)俘獲;拉丁帝國(guó)由鮑德溫和亨利的妹妹約蘭達(dá)女皇(彼得的妻子，Yolanda of Flanders)攝政，這時(shí)拉丁帝國(guó)謀求與尼西亞帝國(guó)的聯(lián)盟，于是1219年，塞奧多利·拉斯卡利斯迎娶約蘭達(dá)的女兒庫(kù)爾特耐的瑪麗亞，同一年塞奧多利一世也和威尼斯締合。1221年11月年塞奧多利一世駕崩，帝國(guó)由其女婿約翰三世·瓦塔基斯John III Ducas Vatatzes繼承。

(1219年，拉丁女皇約蘭達(dá)駕崩，由兒子庫(kù)爾特耐的羅伯特繼位(1219-1228年在位)，1228年羅伯特駕崩，其幼弟鮑德溫二世繼位，鮑德溫二世當(dāng)時(shí)年僅11歲，瑪麗亞曾攝政拉丁帝國(guó)八個(gè)月。)