崇禎十七年三月十九，李自成大軍殺入京城，崇禎皇帝殉國(guó)而死。然而螳螂捕蟬黃雀在后，關(guān)外的清朝大軍洶涌南下，李自成一潰千里，就此敗亡。清朝成了這次三方博弈的最后勝利者。然而明朝的殘余勢(shì)力和各路反清復(fù)明武裝，并未就此退出歷史舞臺(tái)，而是渡江南下，來(lái)到江南和嶺南、東南沿海一帶，以南明小朝廷為核心，繼續(xù)堅(jiān)持抗清斗爭(zhēng)。

南明最初也曾夢(mèng)想，仿效當(dāng)年的東晉和南宋舊事，與清朝劃江而治，來(lái)個(gè)南北朝。但清朝的臥榻之旁，豈容它人酣睡，清兵屢次派出重兵渡江南下，圍剿各路反清武裝。但戰(zhàn)況最初非常膠著，清軍在南明的頑強(qiáng)抵抗前進(jìn)展緩慢，南明的反清斗爭(zhēng)進(jìn)行得有聲有色。

順治九年，南明大將李定國(guó)，先后取得桂林大捷、衡州大捷，斬殺清朝定南王孔有德、敬謹(jǐn)親王尼堪，史稱“兩蹶名王，天下震動(dòng)”。順治十五年，鄭成功成功發(fā)起長(zhǎng)江戰(zhàn)役，南明水師數(shù)萬(wàn)精銳一度深入長(zhǎng)江，攻破鎮(zhèn)江，包圍南京，東南半壁險(xiǎn)些不復(fù)清朝所有。順治帝憂心忡忡，甚至一度萌發(fā)“棄湘、粵、桂、贛、川、滇、黔七省與明媾和之議”，抗清形勢(shì)一度大好。

然而，由于南明各路反清武裝之間，派系復(fù)雜，彼此之間矛盾重重，明朝軍隊(duì)殘余勢(shì)力、大西軍舊部、大順軍舊部、鄭成功等等，并未能精誠(chéng)團(tuán)結(jié)，而是各自為戰(zhàn)，甚至互相排擠傾軋，內(nèi)耗嚴(yán)重，“人心渙散，猜忌日多”，最終被清軍各個(gè)擊破，南明的覆滅已經(jīng)在所不免。

順治十六年二月，清朝平西王吳三桂、定西將軍愛(ài)星阿等人，帶領(lǐng)大軍在云南騰沖與李定國(guó)的南明軍進(jìn)行一次會(huì)戰(zhàn)。最終李定國(guó)一方傷亡慘重，大敗而逃。南明最后一支精銳部隊(duì)就此一蹶不振。南明最后一個(gè)皇帝永歷帝，在清軍追擊下東躲西逃，惶惶不可終日，隨著南方地區(qū)被清軍全部占領(lǐng)，永歷帝被迫逃入緬甸避難。

至此，清朝已經(jīng)徹底完成了統(tǒng)一，境內(nèi)的反清武裝已經(jīng)一掃而光，南明名存實(shí)亡。明清博弈已經(jīng)徹底結(jié)束。躲在緬甸的永歷帝徹底放棄了復(fù)國(guó)之念，只求能茍延殘喘度過(guò)余生。順治帝也已心滿意足。但吳三桂為了向主子表忠心，力主窮追不舍，不抓住永歷帝決不罷休。

順治十七年，吳三桂向清廷上書《渠魁不翦三患二難疏》：“不乘此天威震赫之時(shí)，大舉入緬，以盡根株，萬(wàn)一此輩立定腳跟，整敗亡之眾，窺我邊防，奮思一逞，比及大兵到時(shí)彼已退藏，兵撤復(fù)至，迭擾無(wú)休”，“永歷在緬，于中豈無(wú)系念?萬(wàn)一邊關(guān)有警，若輩生心，此其患在腠理也”，強(qiáng)烈要求出兵入緬捉拿永歷，絲毫不顧及他曾也是明朝臣子，反而為了功名富貴，帶頭追殺故主。

1662年一月，吳三桂陳兵中緬邊境，氣勢(shì)洶洶威逼緬甸交出永歷帝。緬王莽白不愿為了永歷帝惹禍上身，把永歷交給了吳三桂。永歷帝做夢(mèng)也沒(méi)想到，讓他陷入絕境的不是清朝，而是明朝故臣吳三桂。永歷被俘后不久，就被吳三桂處死、

憤怒而絕望的永歷帝在被處死前，給吳三桂寫了一封親筆信，在信中，他毫不留情地嘲諷斥責(zé)了吳三桂的叛明降清、追殺故主的不義之舉，“將軍本朝之勛臣，新朝之雄鎮(zhèn)也”，“烈皇帝(崇禎)之于將軍可謂甚厚”，但吳三桂卻“忘君父之大德，圖開(kāi)創(chuàng)之豐勛，督師入滇，犯我天闕，致滇南寸地曾不得孑然而處焉。將軍之功大矣，將軍之心忍乎?”把吳三桂批得體無(wú)完膚。

信中末尾，永歷皇帝又對(duì)吳三桂發(fā)出了一句凄厲詛咒：“千載而下，史有傳，書有載，當(dāng)以將軍為何如也!”永歷一語(yǔ)成讖，這句詛咒如今變成活生生的現(xiàn)實(shí)，吳三桂背主求榮的劣跡斑斑被史書記錄下來(lái)，成為萬(wàn)人痛恨的亂臣賊子，永遠(yuǎn)被世人唾棄，也算罪有應(yīng)得。