康熙十九年(1680)，衛(wèi)拉特蒙古準(zhǔn)噶爾部統(tǒng)治回部后，對(duì)其首領(lǐng)實(shí)行人質(zhì)制。1755清朝政府出兵平定了新疆準(zhǔn)噶爾分裂勢(shì)力，乾隆二十年五月，清軍攻克伊犁，釋放作為人質(zhì)禁錮于伊犁的大和卓(名波羅尼都)、小和卓(名霍集占)。波羅尼都率領(lǐng)他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝軍隊(duì)。伊犁平定后，清朝命令他返回南疆，招撫舊部，統(tǒng)領(lǐng)維吾爾民眾。大和卓返葉爾羌(今莎車)統(tǒng)領(lǐng)回部，小和卓留伊犁掌管伊斯蘭教務(wù)。1756年小和卓霍集占從伊犁逃回，參與衛(wèi)拉特蒙古輝特部首領(lǐng)阿睦爾撒納陰謀發(fā)動(dòng)叛亂，兵敗逃葉爾羌。

乾隆二十二年(1757年)，殺害清廷所遣前往招撫的副都統(tǒng)阿敏道，自立為巴圖爾汗，波羅尼都受到鼓動(dòng)。他們號(hào)召各城起兵反清，一起集眾數(shù)十萬(wàn)叛亂，舉兵反對(duì)清朝政府，叛軍控制了天山南路的大部分地方。

乾隆二十三年(1758年)二月，清廷命雅爾哈善為靖逆將軍，率滿、漢兵萬(wàn)余自吐魯番進(jìn)發(fā)，進(jìn)入南疆(天山南路)平叛。起初，清軍出師不利。但由于大小和卓殘酷地壓迫維吾爾族人民，“兵餉、徭役繁興，供給稍遲，家立破;及出亡(兵敗逃亡)，又盡其貲以行，民脂殆竭” [1] 。人民不堪其苦，紛紛逃亡。五月，圍叛軍據(jù)點(diǎn)庫(kù)車。大、小和卓率萬(wàn)余鳥(niǎo)槍兵自葉爾羌經(jīng)阿克蘇赴援，被清軍擊敗，傷亡4000余人，旋率殘部入庫(kù)車固守。雅爾哈善未乘勝進(jìn)擊，而坐守軍營(yíng)終日博弈，疏于戒備，致使大、小和卓乘夜率400騎逃遁，雅爾哈善以貽誤軍機(jī)罪被處死。清軍攻克庫(kù)車后，小和卓逃到阿克蘇，守城維吾爾族人閉門不納，只得逃到烏什，同樣為烏什維族人所拒，遂退保葉爾羌。大和卓則據(jù)守喀什噶爾。大小和卓相約各守一城。兩人相為倚角，抗擊清軍。十月，定邊將軍兆惠率步騎4000至葉爾羌，三戰(zhàn)三勝，然以兵少不能取城，即于城東隔河結(jié)“黑水營(yíng)”自固待援。叛軍萬(wàn)余人包圍黑水營(yíng)，用炮轟、水淹、偷襲等方式頻繁攻擊。清軍堅(jiān)守三個(gè)月，傷亡甚眾。

二十四年正月，清定邊右副將軍富德率兵3000自烏魯木齊馳援，至呼爾滿(今莎車東北)，與叛軍騎兵5000激戰(zhàn)四五晝夜，獲勝，渡葉爾羌河，與參贊舒赫德、都統(tǒng)阿里袞部會(huì)師。兆惠聞援軍至，督兵突圍。清軍會(huì)師振旅，還阿克蘇。