巴達(dá)克山汗索勒坦沙在阿爾渾楚嶺戰(zhàn)斗中擒大、小和卓。至此，大、小和卓動亂被平息。從而結(jié)束了天山南北地區(qū)的分裂局面。

六月，兆惠和富德各率兵1.5萬分別攻喀什噶爾和葉爾羌。清軍兩路會師在葉爾羌城東黑水河畔擊敗叛軍，乘勝分軍，攻取喀什噶爾和葉爾羌。大小和卓見大勢已去，大掠城中財物后率部棄城南逃，越蔥嶺西遁，逃往帕米爾。清軍追至伊西洱庫爾淖爾，將叛軍圍在山嶺上，一面施放火器，一面大呼招降。叛軍“降者蔽山而下，聲如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”(魏源《圣武記·乾隆勘定回疆記》)。清軍獲叛軍降卒1.2萬余。

1759年夏天，大小和卓帶著妻孥舊仆三四百人逃奔巴達(dá)克山(今阿富汗東部)。清軍派人與巴達(dá)克當(dāng)?shù)夭孔褰簧?，八月，大、小和卓被巴達(dá)克山部首領(lǐng)素勒坦沙執(zhí)殺，把尸首送交清朝。(《圣武記·乾隆勘定回疆記》)

乾隆二十五年(1760年)正月末，浩罕、巴達(dá)克山、博洛爾使臣至京。正月二十七日(1760年2月27日)，乾隆皇帝升御座于午門，行受俘禮，額爾登額等官兵將霍集占首級進(jìn)獻(xiàn)闕下。二月二十七日(西歷4月12日)，兆惠、富德、明瑞、巴祿等將士抵京。乾隆皇帝駐蹕良鄉(xiāng)縣(縣治在今北京市房山區(qū)良鄉(xiāng)鎮(zhèn))黃新莊，郊勞西征諸將士，筑壇告天，并設(shè)宴款待將軍大臣與回部王公、伯克。三月三日(西歷4月18日)，乾隆皇帝在豐澤園(今中南海內(nèi))宴請兆惠、富德、明瑞、巴祿與回部王公伯克、文武大臣，賞賜出征將士帑銀、緞匹。