1789 年法國大革命的爆發(fā)徹底改變了醫(yī)院騎士團的命運。新成立的法國國民議會(National Assembly)強力推行宗教改革。通過《教士的公民組織法》等系列法案，主教的權(quán)力受到限制，教士改由人民選舉產(chǎn)生，教會的財產(chǎn)被收歸國有，神職人員需向法國國王效忠—最終的目的是切斷羅馬教廷對法國教會的控制，實現(xiàn)教會的獨立自主及世俗化。以上種種舉措對天主教世界的沖擊可想而知。

1792 年9 月19 日，騎士團在法國的全部財產(chǎn)被沒收(價值高達1.12 億里弗爾)，逃離法國的法籍醫(yī)院騎士遭到缺席審判，巴黎分部被革命政府改建為監(jiān)獄，用于囚禁王室成員。雪上加霜的是，隨著法國軍隊走出國門作戰(zhàn)，他們每到一處便同樣沒收醫(yī)院騎士團的財產(chǎn)。騎士團位于意大利和萊茵河左岸的分部因此損失慘重。西班牙、葡萄牙、那不勒斯、西西里等國君主也紛紛落井下石，開始對騎士團征收10% 的賦稅。與此同時，大批法國難民涌入馬耳他，其中不少是被缺席判處死刑的法籍醫(yī)院騎士，他們額外加重了騎士團的負擔。

在法國大革命的亂世中，一位來自科西嘉島的青年軍官拿破侖•波拿巴已脫穎而出。1798 年拿破侖提出遠征埃及，以便為法國打通東方之路。1798 年4月，拿破侖•波拿巴被任命為新組建的“東方軍團”的司令官，布呂埃斯海軍中將任艦隊司令，其中，拿破侖麾下的陸軍人數(shù)達2.9 萬余人。而若要橫渡地中海進攻埃及，馬耳他是一座無法繞開的橋頭堡。

拿破侖很早便意識到馬耳他的戰(zhàn)略價值，1797 年11 月，拿破侖派遣一位密使艾蒂安•普西耶爾格登上了馬耳他島。他手握一份長長的名單，上面是所有可能同情、支持法國革命政府的騎士團成員。而著名的騎士團法籍地質(zhì)學家德奧達•德•多洛米厄已經(jīng)被拿破侖策反，他積極活動，拉攏團友倒戈。拿破侖的秘密戰(zhàn)取得了碩果： 70—80 名騎士團成員最終選擇了“棄暗投明”，其中便包括改革派領(lǐng)袖、羅昂曾經(jīng)的重要幕僚讓•德•博斯勒東•蘭西亞(時任騎士團財務(wù)官)。具有諷刺意味的是，這些騎士團叛徒中，法國人并不多。200 余名從法國出逃馬耳他的騎士經(jīng)歷了喪失家園之痛，大部分屬于堅定的主戰(zhàn)派(普西耶爾格的報告顯示，只有15 位法國騎士是可能被收買的)。

1798 年5 月，拿破侖率部抵達土倫。5月19 日，陣容龐大的法國東方軍團正式開拔。此時馬耳他共有10.4 萬名居民(馬耳他本島9 萬人)、332 名騎士(其中282 人可作戰(zhàn))和約6000 名守軍，還有4000 名民兵可動員。此外騎士團總共儲備了4 個月的糧食和750 噸火藥。以守軍的實力，尚能與法軍一戰(zhàn)，至少可固守待援，但大團長依舊將希望寄托于俄國、英國的干預上，遲遲不愿發(fā)起總動員。的確，英國艦隊正在霍雷肖•納爾遜的率領(lǐng)下一路跟蹤法國艦隊，但惡劣的天氣延誤了他們的行動，直到6月20 日馬耳他已淪陷后，納爾遜才收到洪佩施的求援。

6 月4 日，斐迪南•馮•洪佩施收到了一封來自德國分團的密信，信中表示，有確切情報證明，從土倫出發(fā)的法國艦隊的目標不僅僅是埃及，還包括馬耳他島。匪夷所思的是，大團長竟無動于衷。“讓我們向上帝祈禱馬耳他不會受到攻擊。”他輕描淡寫地說。直到6 月6 日，法國先遣艦隊已出現(xiàn)在馬耳他外海，洪佩施才意識到危險臨近，倉促地動員備戰(zhàn)。在緊急召開的戰(zhàn)前會議上，他坦誠自己對軍事一竅不通，將指揮權(quán)拱手交予11 位高官組成的軍事參謀團。洪佩施確有自知之明，也試圖表現(xiàn)出用人不疑的姿態(tài)，但他本應(yīng)細細甄別部下的忠誠度—11 人中，竟有4 人早已暗中投靠了拿破侖•波拿巴。除了蘭西亞之外，還包括城防司令、炮兵總監(jiān)和工兵總監(jiān)。特洛伊木馬已經(jīng)蓄勢待發(fā)。騎士團大元帥洛拉斯對團長忠心耿耿，他組織了3 艘戰(zhàn)艦試圖攔截法國艦隊。這無異于以卵擊石，計劃失敗后大元帥的威望也隨之跌到了谷底，于是騎士團的指揮官們就開始各自為政了。

1798 年6 月9 日，法國艦隊(包括14 艘戰(zhàn)列艦、30 艘護衛(wèi)艦、300 艘運輸艦)抵達馬耳他大港區(qū)外。拿破侖彬彬有禮地派人通知大團長，希望能夠靠岸補給淡水，休整人員。大團長則依據(jù)三十年前與法國簽署的條約，一次只允許4 艘法艦入港，但他同意向法國海員開放馬耳他醫(yī)院，以釋放善意。以此為借口，第二天拿破侖正式下令法軍發(fā)起全面進攻。至10 日中午，已有1.5 萬名法國士兵在馬耳他的11 個不同地點登陸。西班牙王國已與法國正式結(jié)盟，騎士團西班牙語區(qū)領(lǐng)導人唐•費利佩•德•阿馬特因此禁止部下參與抵抗。于是多數(shù)西班牙騎士在他們的會館內(nèi)以靜坐的形式迎接法國人的到來。當天晚上，人們發(fā)現(xiàn)阿馬特在自己海邊的官邸內(nèi)與法國將軍們把酒言歡。蘭西亞也于拿破侖宣布入侵時，以不愿對抗基督徒為由，掛冠而去。騎士團面臨分崩離析的窘?jīng)r，而大團長似乎束手無策。

如果騎士團堅定地依托蒂涅要塞、科托內(nèi)拉防線據(jù)險固守，或許能令拿破侖陷入一場持久戰(zhàn)。這正是后者要竭力避免的，據(jù)說法國統(tǒng)帥秘密下令，若戰(zhàn)事久拖不決，影響到遠征埃及，就放棄馬耳他島。但騎士團并無統(tǒng)一的指揮，部分沖動的前線指揮官選擇主動出擊，希望將法國人趕下海。面對拿破侖的精兵，久疏戰(zhàn)陣的騎士團陸軍在野戰(zhàn)中很快潰不成軍，殘部狼狽地撤回了瓦萊塔。目睹初戰(zhàn)失利，弗洛里亞納的守軍竟選擇了不戰(zhàn)而逃。一片混亂中，騎士團的軍旗亦被法軍繳獲。當然，騎士團中仍不乏盡忠職守、堅韌不屈的勇士：蒂涅要塞司令官已經(jīng)80 歲高齡，依然與部下生死與共，絕不后退半步;喬瓦尼•托馬西以區(qū)區(qū)400 名民兵死守納沙爾防線(the Naxxar Lines)，對抗法國將軍巴拉杰•迪里埃的一整個師……可惜個別英雄事跡無法扭轉(zhuǎn)馬耳他的局面。至10 日晚，法軍已控制森格勒阿半島，并在蒂涅要塞外架設(shè)重炮，馬耳他主要城市均陷入了重圍。

與1565 年的情況迥異，馬耳他人也與騎士團離心離德，在很多百姓看來，法國人占多數(shù)的騎士團與兵臨城下的拿破侖并無本質(zhì)不同，這只是一場法國人之間的“內(nèi)斗”。因此，他們寧可選擇置身事外。11 日凌晨，一批馬耳他貴族代表涌入大團長宮，叫嚷著必須馬上與拿破侖和談。大團長的部下氣憤地威脅要絞死這批叛國者，但洪佩施卻只是平靜地送他們離去。第二天，盡管大元帥雙膝跪地懇求大團長務(wù)必堅持到英國艦隊抵達，后者還是決定與拿破侖談判。11 日晚6 點，在多洛米厄的斡旋下，雙方暫時?；?。馬耳他騎士團的使節(jié)登上了拿破侖的旗艦“東方”號。

平心而論，洪佩施并非準備賣國求榮，他賦予使團的任務(wù)是盡可能為馬耳他爭取有利的條件，而非無條件投降。但他又一次用人失察，使團的三位主要成員中，團長竟是西班牙人唐•費利佩•德•阿馬特，第二位是暗中倒戈的讓•德•博斯勒東•蘭西亞，只有來自意大利語區(qū)的騎士弗里薩里有希望為騎士團仗義執(zhí)言。不幸的是，他竟因暈船在交涉過程中幾乎一語未發(fā)(他的法語原本就很蹩腳)。在拿破侖發(fā)出最后通牒后，使團屈服了，他們幾乎全盤接受了法國人苛刻的協(xié)議。

阿馬特等人將這份恥辱的協(xié)定帶回大團長宮后，洪佩施目瞪口呆，試圖拒絕簽字，但他也明白，大勢已去，馬耳他的淪陷無可挽回。當騎士團將領(lǐng)圖爾•杜皮恩從前線返回準備向大團長匯報時，他得知了這一噩耗。面色蒼白的洪佩施對他說：“我們失去了一切。”杜皮恩回答說：“一時得失無須掛懷。榮譽永存。”

1798年拿破侖登上馬耳他島，查理·艾蒂安·皮埃爾·莫特(CharlesEtienne Pierre Motte，1785—1836)繪制

離開了馬耳他島之后，耶路撒冷圣約翰醫(yī)院騎士團就此失去了領(lǐng)土，但作為一個組織仍然存在，雖然騎士團在馬耳他島的主權(quán)權(quán)利透過1802年亞眠條約(Treaty of Amiens)的簽訂而得到英、法等國的承認，但騎士團卻從未被允許回到該島。爾后騎士團于1834年在羅馬重建總部，終于再次穩(wěn)定下來。騎士團的軍事使命已經(jīng)完結(jié)，此后主要從事慈善事業(yè)。

今天，馬耳他騎士團在聯(lián)合國享有永久觀察員實體的地位，但馬耳他騎士團并沒有任何領(lǐng)土，它設(shè)在羅馬的總部馬耳他宮，是位于羅馬市孔多迪大街68號，占地1.2萬平方米的大廈。但這并非其領(lǐng)土，該宗土地主權(quán)屬于意大利，租借給馬耳他騎士團，同時意大利給予該大樓外交待遇。