文德天皇在位八年，猝然辭世，東宮也就是藤原良房的外孫惟仁親王繼位，是為清和天皇。這位清和天皇，被立為東宮的時候才九個月大，登基時也年僅九歲，什么也還不懂，朝政完全由外祖父良房說了算。 天皇雖然還小，藤原良房已經(jīng)在為他物色妻妾了，人選當(dāng)然都來自于藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宮中，然后，又瞄上了長兄藤原長良的女兒高子。不過這位高子據(jù)說已經(jīng)有了情人，堅持不肯進(jìn)宮。

高子的情人，乃是號稱當(dāng)時第一風(fēng)流美男子的在原業(yè)平。在原業(yè)平是平城天皇之孫，被賜“在原”氏而降為臣格，他擅長做詩，格調(diào)高雅，廣受平安京內(nèi)貴族女性的仰慕。據(jù)說在原業(yè)平曾經(jīng)帶著高子私奔，最后被堵截回來，高子送入宮中，在原業(yè)平遠(yuǎn)流東國。然而這未必是個哀傷而動人的愛情故事，因為傳說在原業(yè)平一生中先后與3333位女性締結(jié)情緣，徹頭徹尾是個花花公子。

拉回來再說清和天皇，他的年號是貞觀，和中國唐太宗的年號相同。貞觀八年〔866年〕閏三月十日夜間，太極殿前的應(yīng)天門突然起火，連兩側(cè)的棲鳳樓和翔鸞樓也一并被火海吞沒。這或許只是一場天火，并沒有人為因素存在，不過朝中各派卻藉著這個因頭開始互相攻訐，最終導(dǎo)致了一場大清洗。

當(dāng)時朝中重臣除藤原良房外，還有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，還有世代豪門伴氏、紀(jì)氏〔823年以后，大伴氏避大伴皇子之諱而改稱伴氏〕，以及從皇子降為臣格的源氏兄弟。首先，大納言伴善男告發(fā)縱火犯乃是左大臣源信和中納言源融，并且與藤原良相商議，調(diào)左中將藤原基經(jīng)前往逮捕源信。藤原基經(jīng)本是藤原長良之子，過繼給藤原良房做養(yǎng)子，他當(dāng)然要把此事向良房匯報，聽取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，請他先派干員前往責(zé)問源信，源信當(dāng)然矢口否認(rèn)，于是這件事就此擱置下來。

不料，在五個月之后的八月三日，備中權(quán)史生大宅鷹取向朝廷告發(fā)伴善男、伴中庸父子才是真正的縱火犯，引起了朝廷內(nèi)外的又一場大騷動。束手無策的清和天皇在八月十九日正式任命外祖父良房為攝政——“重敕攝行天下之政者”，令其收拾事態(tài)。良房將伴善男關(guān)押起來，開始調(diào)查此事。就在這時，伴善男的家臣生江恒山和伴清繩因殺害大宅鷹取的女兒而被捕。在酷刑之下，生江恒山和伴清繩供認(rèn)出火燒應(yīng)天門乃是由伴善男、伴中庸父子共謀的。九月二十二日，判決大納言伴善男、右衛(wèi)門佐伴中庸，以及伴善男的家臣紀(jì)豐城、伴清繩、伴秋實共五人為縱火主犯，應(yīng)處斬刑，減罪一等，流放到伊豆，并沒收了他們的土地財產(chǎn)，另有十名從犯也陸續(xù)被處以流放之刑，藤原良房排除了最后一股政治上的異己勢力。

大伴氏和紀(jì)氏都是日本自古以來的名門。當(dāng)藤原氏的先祖中臣氏還只是在宮中擔(dān)任祭祀占卜的小官時，大伴氏、紀(jì)氏就已經(jīng)是天皇身邊不可或缺的重臣了。對于藤原氏的崛起和壯大，這些沒落的豪門自然是心有不甘。故此，在歷朝針對藤原氏的陰謀中，都少不了他們的影子。承和之變后，伴氏對藤原良房刻意壓制其他豪族的做法十分不滿，與紀(jì)氏等同病相憐的豪族逐漸形成了一個反對良房的小集團。良房借這次處理火燒應(yīng)天門事件的機會，徹底地將這兩個舊貴族勢力排除出中央政權(quán)的核心，而且藤原良相、源氏兄弟的勢力也受到了重大打擊，藤原良房、基經(jīng)父子的權(quán)勢更為穩(wěn)固。但更重要的是，前此攝政之位只授與皇后或東宮，從此落到了人臣手里。攝政就是“總攝庶政”之意，藤原氏的家長在天皇幼年時出任攝政，天皇成年后稱為關(guān)白〔“諸事關(guān)白”之意〕，逐漸成為不成文的傳統(tǒng)。

火燒應(yīng)天門事件之后，良房完全獨掌了朝政大權(quán)。