建文元年朱棣反叛之初，建文帝以及方孝孺等人，并沒有將朱棣放在眼里。他們認(rèn)為燕王以一隅之兵，做出翻天大事是極為困難的。當(dāng)時善良又有些迂腐的建文帝甚至還給了手下一道奇特的口諭，他不準(zhǔn)任何人傷害他的叔叔朱棣，以免讓自己擔(dān)上殺叔的罪名。

正是這道口諭，朱棣在四年的靖難之役中，才敢親冒矢石，在兩軍陣前縱橫馳騁，毫發(fā)無損。聯(lián)想到建文初年，徐達(dá)之子徐輝祖曾力勸建文帝扣押朱棣之子來要挾對方。建文帝猶豫著，居然沒有同意。結(jié)果放虎歸山，讓朱棣再無顧忌。其次方孝孺向建文帝推薦了平叛的主帥：他的好友李景隆。

正是李景隆其人既打了敗仗，又打開了金川門迎賊。在此之前，早已有人對建文帝說過，李景隆有異志。但建文帝卻因?yàn)橄嘈欧叫⑷?，而對李景隆信任有加。正是建文帝的?yōu)柔寡斷，目不識人，才等來了誤國的開門之變。{“帝雅信孝孺，遂不復(fù)疑，坐成開門之變，蓋不免于誤國云。《姜氏秘史》}

等到方孝孺如夢初醒，要求建文帝誅殺李景隆時，一切為時已晚。最后朱棣在率軍渡過長江，南京城危在旦夕時，方孝孺又給朱允炆提供了一個錯誤的建議。他建議朱允炆固守京城以待援兵，如果最終失敗，應(yīng)當(dāng)君王死社稷。

眼看南京城不保，有人勸說建文帝暫避鋒芒，畢竟大半個國家，仍在建文帝的控制中。可方孝孺卻力主守城，等待援兵。這樣的結(jié)果是，陳碹以戰(zhàn)艦降燕王，李景隆打開了城門，建文帝本人也消失在了一場大火之中。

朱元璋把兒孫分封到各地做藩王，藩王的勢力日漸強(qiáng)盛。因太子朱標(biāo)早死，皇太孫朱允炆繼位，其年號為建文。建文帝與親信大臣黃子澄，齊泰布置了一系列的削藩措施。他們決定先削那些實(shí)力弱小的藩王。在削除弱小的諸王以后，朱允炆認(rèn)為一切已經(jīng)準(zhǔn)備停當(dāng)，他便秘密下令擒拿朱棣，但是朱允炆并沒有成功。

因?yàn)橄鬓胧﹪?yán)重侵害到了藩王的利益，所以1399年坐鎮(zhèn)北平的朱棣，起兵反抗。靖難之役持續(xù)了四年的時間，此時建文帝已經(jīng)沒有大將可用。他只能啟用幸存的老將耿炳文率兵北伐，隨后他又派出李景隆繼續(xù)北伐。

建文帝派出去的軍隊(duì)，主力不斷被殲滅。朱棣以北平為基地，靈活運(yùn)用策略，適時出擊。幾次大型消滅戰(zhàn)過后，朱棣選擇了乘勝進(jìn)軍。公元1402年朱棣攻下應(yīng)天，戰(zhàn)亂中朱允炆下落不明，同年朱棣繼位，史稱明成祖。