自從1647年(清順治四年，永歷元年)一月在小金門起兵抗清后，鄭軍轉(zhuǎn)戰(zhàn)浙、閩、粵等行省東南沿海，多次幫助明朝宗室與民眾渡海定居臺(tái)灣及東南亞各地。此外，鄭成功讓華商領(lǐng)取鄭府令牌和“國姓爺”旗號(hào)，以幫助保護(hù)華人在海外經(jīng)商時(shí)的安全;當(dāng)時(shí)確有很多海外華商采取此法，而得以安全出海經(jīng)商。然而，統(tǒng)領(lǐng)數(shù)萬人的大軍抗清，卻始終無法取得較大的根據(jù)地，鄭成功被迫必須通過海外貿(mào)易籌備糧餉。

北伐南京失敗后，鄭成功所部元?dú)獯髠?，并且面臨軍糧不足的問題;為了解決大軍的后勤給養(yǎng)問題，鄭成功決定聽從何斌之建議收復(fù)由荷蘭殖民主義者侵占的臺(tái)灣島。

1661年4月(清順治十八年，永歷十五年農(nóng)歷三月)，鄭成功留下兒子鄭經(jīng)防守廈門、金門，鄭成功親率將士二萬五千、戰(zhàn)船數(shù)百艘，自金門料羅灣出發(fā)，經(jīng)澎湖，橫渡臺(tái)灣海峽，向臺(tái)灣進(jìn)軍。荷蘭于臺(tái)島西南建有兩大防御要塞，一為位于大員(今臺(tái)南市安平區(qū))的熱蘭遮城，二為位于臺(tái)江內(nèi)陸赤崁地方(今臺(tái)南市中西區(qū))的普羅民遮城。二十四日，鄭軍進(jìn)入澎湖海面，狂風(fēng)暴雨，突然襲來。在極端惡劣的氣候條件下，鄭成功傳令大軍連夜破浪前進(jìn)。

四月初一，鄭軍利用海水漲潮的機(jī)會(huì)由鹿耳門水道進(jìn)入臺(tái)江內(nèi)海并于禾寮港(今臺(tái)南市北區(qū)開元寺附近)登陸，意圖先求取防御薄弱的普羅民遮城。隨后鄭軍在臺(tái)江海域與荷蘭軍艦展開海戰(zhàn)，擊沉荷軍艦赫克特號(hào)，取得臺(tái)江內(nèi)海控制權(quán)，并同時(shí)在北線尾地區(qū)擊敗荷蘭陸軍，以優(yōu)勢兵力包圍普羅民遮城。不久，于四月初五即迫使普羅民遮城守軍出降。在取得普羅民遮城做為據(jù)點(diǎn)之后，鄭軍隨即由海、陸兩面圍困熱蘭遮城。

由于考慮到兩萬大軍的糧餉調(diào)度不易，鄭成功并沒有做持久戰(zhàn)的打算，一開始即對(duì)熱蘭遮城施壓，試圖脅迫荷蘭軍隊(duì)投降。遭荷蘭大員長官揆一拒絕其投降要求之后，鄭成功一度下令強(qiáng)攻熱蘭遮城。由于強(qiáng)攻不下，加之大軍糧食短缺，使得鄭成功被迫改變策略，派出大部分的軍隊(duì)至南北各地屯田、征收錢糧，以解大軍乏糧的燃眉之急，對(duì)熱蘭遮城改采長期包圍的戰(zhàn)略。

1661年(清順治十八年，永歷十五年)五月初五，鄭成功改赤崁為“東都明京”，設(shè)承天府及天興、萬年二縣。敵軍守將描難丁戰(zhàn)敗投降。于是成功留部將楊朝棟守赤嵌樓，親自率軍乘勝進(jìn)攻赤嵌城。然而揆一仍然企圖據(jù)險(xiǎn)頑抗，成功命令大軍把赤嵌城嚴(yán)密包圍起來，發(fā)炮向城里進(jìn)攻。赤嵌城被圍困了七個(gè)多月，敵軍官兵死傷一千六百多人，最后荷軍水源被鄭軍切斷，揆一只好扯起白旗，宣告投降。

七月中旬，停泊于外海的荷蘭援軍遭遇強(qiáng)風(fēng)侵襲，被迫離開大員海岸。八月中旬，荷、鄭兩軍于臺(tái)江內(nèi)海展開激烈海戰(zhàn)，鄭軍大獲全勝，擊沉一艘荷蘭軍艦，并奪取船只數(shù)艘，自此荷軍喪失主動(dòng)出擊的能力。荷蘭大員長官揆一投降條約上簽了字。在十二月二十日向鄭成功屈服，揆一率領(lǐng)殘敵五百人狼狽退出臺(tái)灣。