北魏，云岡石窟的開鑿從文成帝和平初(460年)起，一直延續(xù)至孝明帝正光五年(524年)止，前后60多年。此后的東魏、北齊、隋及初唐，平城改為云中郡恒安鎮(zhèn)治。

唐代，據(jù)金皇統(tǒng)七年(1147年)曹衍撰《大金西京武州山重修大石窟寺碑記》載："貞觀十五年(641年)，守臣重建";唐慧祥撰《古清涼傳》卷上(古今勝跡三)記載，當(dāng)時(shí)有一位儼禪師"每在恒安修理孝文石窟故像……以咸亨四年(673年)終于石室"。初唐以后，平城呈現(xiàn)蕭條景象，云岡石窟的建設(shè)因受多方面因素的影響未有大項(xiàng)工程。

遼金，遼興宗、道宗時(shí)期，遼皇室曾對(duì)武州山石窟寺進(jìn)行過延續(xù)十年之久的大規(guī)模修整。修建了石窟前接木構(gòu)窟檐的通樂、靈巖、鯨崇、鎮(zhèn)國(guó)、護(hù)國(guó)、天宮、崇福、童子、華嚴(yán)、兜率十座大寺，并對(duì)一千余尊佛像進(jìn)行了整修。遼保大二年(1122年)金兵攻占大同，"寺遭焚劫，靈巖棟宇，掃地?zé)o遺"(《大金西京重修華嚴(yán)寺碑》)。金皇統(tǒng)三年至六年(1143-1146年)，住持法師稟慧重修"靈巖大閣"(今第三窟外的閣樓)，"自是，山門氣象，翕然復(fù)完矣。"(《金碑》)。

元代，武州山石窟寺廟院尚存。

明代，大同云岡再度荒廢。云岡之稱始于明嘉靖年間，明末崇禎十七年(1644年)李自成起義軍路經(jīng)大同，留部將張?zhí)炝振v守后清軍入關(guān)攻占大同，云岡寺院再遭兵燹，淪為灰燼。

清代，清順治八年(1651年)云岡寺院得以重修?，F(xiàn)存第5、6窟的木構(gòu)窟檐和寺院即為此時(shí)重建。1696年，康熙皇帝于冬日回鑾巡幸云岡寺并御書匾額"莊嚴(yán)法相"。清乾隆年間云岡石窟亦曾有修葺。

近代，1949年中華人民共和國(guó)成立，云岡石窟的主要洞窟和窟前木結(jié)構(gòu)建筑(第5、6、7窟)均保存完好。1952年設(shè)置專門保護(hù)機(jī)構(gòu)，石窟文物得以妥善保護(hù)，并對(duì)公眾開放。