施瑯是清朝初年的重要將領(lǐng)，字尊侯，號琢公，上疏吁請清廷在臺灣屯兵鎮(zhèn)守、設(shè)府管理，力主保留臺灣、守衛(wèi)臺灣。因功授靖海將軍，封靖海侯。

施瑯在回到廈門后，便日以繼夜，廢寐忘食，一面整船，一面練兵，兼工制造器械，親自挑選工匠和船，歷時數(shù)月，使原來全無頭緒的水師船堅兵練，事事全備。

1683年(康熙二十二年)六月十四日，施瑯督率水軍由銅山出發(fā)。在進(jìn)攻路線的選擇上，施瑯根據(jù)風(fēng)向和敵方防御情況的情報，決定清軍船隊(duì)從銅山(今福建東山島)啟航，乘六月的西南季風(fēng)向東穿越臺灣海峽，首先奪取地處澎湖主島以南、鄭軍防守薄弱的八罩島。

這樣就可獲得船隊(duì)的錨泊地和進(jìn)攻出發(fā)地，占據(jù)上風(fēng)上流的有利位置向澎湖發(fā)起攻擊。攻下澎湖，扼敵咽喉，然后兵鋒直指臺灣，可順利實(shí)施“因剿寓撫”的戰(zhàn)略方針。

六月十六日，清軍艦隊(duì)向澎湖鄭軍發(fā)動第一次進(jìn)攻，初戰(zhàn)失利。施瑯很快吸取教訓(xùn)，對下一步作戰(zhàn)行動進(jìn)行了周密籌劃和部署。施瑯將清軍分為四部分：施瑯親率56只大型戰(zhàn)船組成的主攻部隊(duì)，正面進(jìn)攻鄭軍主陣地娘媽宮;

總兵陳蟒等率領(lǐng)由50只戰(zhàn)船組成的東線攻擊部隊(duì)，從澎湖港口東側(cè)突入雞籠嶼，作為奇兵，配合主攻部隊(duì)夾擊娘媽宮;總兵董義等統(tǒng)率另50只戰(zhàn)船組成的西線攻擊部隊(duì)，從港口西側(cè)進(jìn)入牛心灣，進(jìn)行佯動登陸，牽制西面的鄭軍;其余80只戰(zhàn)船作為預(yù)備隊(duì)，隨主攻部隊(duì)跟進(jìn)。

十八日，施瑯先派戰(zhàn)船攻取澎湖港外的虎井、桶盤二島，掃清了外圍。二十二日早七時，經(jīng)過充分休整和準(zhǔn)備的清軍向澎湖鄭軍發(fā)起總攻。

經(jīng)過9小時激戰(zhàn)，清軍取得全面勝利，共斃傷鄭軍官兵1.2萬人，俘獲5000余人。擊毀、繳獲鄭軍戰(zhàn)船190余艘。鄭軍主將劉國軒乘小船從北面的吼門逃往臺灣。此役清軍陣亡329人，負(fù)傷1800余人。

此后，施瑯又一面加緊軍事行動，一面對占據(jù)臺灣的鄭氏集團(tuán)施以招撫。在施瑯大軍壓境之下，鄭克塽茫然地說：“現(xiàn)在臺灣人心風(fēng)聲鶴唳，繼續(xù)守衛(wèi)臺灣恐怕右邊啊;士卒滿目瘡痍，再戰(zhàn)下去恐怕難以取勝。還是應(yīng)當(dāng)請降，以免今后追悔莫及?！编嵖藟u聽從了劉國軒的勸告。

八月十三日，施瑯率領(lǐng)舟師到達(dá)臺灣，劉國軒等帶領(lǐng)文武官員軍前往迎接。施瑯入臺之后，主動前去祭鄭成功之廟，對鄭氏父子經(jīng)營臺灣的功績作了高度的評價，并稱鄭氏收復(fù)臺灣是為國為民盡職的舉動，對鄭成功毫無怨仇。祭祀完成之后，施瑯哽不成聲，熱淚縱橫。

鄭氏官兵和臺灣百姓深受感動。贊揚(yáng)施瑯胸襟寬廣，能以大局為重。冷靜處理公義私怨的關(guān)系，遠(yuǎn)非春秋時期的伍子胥所能比擬。

當(dāng)時，清廷內(nèi)部對臺灣地位的重要性認(rèn)識不足，對是否留臺存在爭議。施瑯上疏力主留臺衛(wèi)臺。在分管兵部的清朝東閣大學(xué)士(宰相)潘湖叟黃錫袞的支持下，施瑯(乃分管兵部的內(nèi)閣大臣潘湖叟黃錫袞的妹夫)的意見打動了康熙帝和朝中大臣，清廷終于決定在臺灣設(shè)府縣管理，屯兵戍守。