顯如時期，地內町迅猛發(fā)展。所謂地內町，即建立在真宗寺廟附近的一些城鎮(zhèn)，是農業(yè)商業(yè)中心，其絕大多數(shù)居民都是一向門徒。本愿寺得以直接控制一部分這類城鎮(zhèn)，獲得經濟來源。地內町門徒的其中一個任務就是守衛(wèi)町，以防止外人進攻，因而他們努力建立大量要塞。石山本愿寺便是個巨大的堡壘，整個地域有五十個以上的要塞。 戰(zhàn)國時代，一些大名試圖在農村建立新的統(tǒng)治秩序，遭到一向門徒強烈反抗，因而出現(xiàn)大量的一向一揆，規(guī)模大的，有萬人以上的門徒參加。對這些起義，各地的封建領主不得不予以鎮(zhèn)壓，其中鎮(zhèn)壓最為激烈的，即為織田信長。他對無論新舊的所有佛教勢力都十分憎惡，而本愿寺勢力如此之強，脈絡如此之廣，能量如此之大，成為他統(tǒng)一日本之最大障礙：

1、本愿寺作為一個大寺，結構復雜，組織嚴密，散布整個關東、關西平原。本愿寺可以調動各地門徒同時向信長開戰(zhàn)。

2、 本愿寺不需要有常備軍，地方門徒能自行補給。本寺以外的門徒還能反過來支持石山本寺。

3、本愿寺具有優(yōu)良的地理條件與資源：背后是海，可以通過海路補給戰(zhàn)略物資。此外，石山御坊早已建成極強的軍事要塞，十分難以攻下。

4、一向門徒都對本愿寺十分忠誠，不容易變節(jié)。

這種情況，使信長消滅本愿寺遇到重重障礙。信長對本愿寺的作戰(zhàn)，因此也持續(xù)了十年之久。

1570，信長擁戴足利義昭進京，途經時便對石山本愿寺索要軍費，其實是借口開戰(zhàn);本愿寺不允，信長的鐵炮部隊便浩浩蕩蕩開來，和本愿寺調度的雜賀眾，進行了戰(zhàn)國史上罕見的洋槍大戰(zhàn)，史稱“石山戰(zhàn)爭”。顯如遂宣布信長為“法敵”，號召全國門徒發(fā)動一向一睽，反對信長。其后，顯如發(fā)動長島一向一揆，圍攻信長之弟信興所在的小木江城。將信興殺死，又組織了三萬多門徒與朝倉、淺井軍合攻宇佐山城，令織田方守將森可成戰(zhàn)死。本愿寺更逐漸建聯(lián)合了上杉、武田、三好、淺井、六角、朝倉等大名成所謂的“信長包圍網”，成為反對信長之政治、軍事中心。信長包圍網的成員一直在變，但本愿寺至始至終一直都是中樞。本來，和顯如合作密切的武田家在東面，使信長成腹背受敵之勢，形勢對本愿寺十分有利，但在1573年，信玄病死，至此形式逆轉。信長于1574年力克長島城，屠城二萬;此年鎮(zhèn)壓越前一向一揆，本愿寺坊主下間賴照戰(zhàn)死。1576年，信長開始攻擊石山本城，本愿寺急尋毛利水軍(村上水軍)救援，終于在木津口大敗織田水軍(九鬼水軍)，但在1578年，織田水軍擊敗毛利水軍，石山又受圍困，且失去了海上補給。到1580年，顯如見本愿寺實力消耗殆盡，對抗信長已無希望，只好放棄，以讓出加賀和石山城為條件，在天皇之調解下同織田信長議和。從此，本愿寺便退出了政治舞臺。

再回顧本愿寺對抗信長的歷史，可發(fā)現(xiàn)許多不利于本愿寺的因素，導致其失敗。

1、它畢竟是一個宗教組織，沒有封建領主對麾下武士集團那樣直接而有力的控制。本愿寺缺乏對其門徒的直接控制，門徒也并不總遵從命令，發(fā)令時要考慮他們的利益。此外，門徒畢竟以農民為主，不是職業(yè)軍人，并非以戰(zhàn)爭為職業(yè)，沒有理由隨隨便便的就發(fā)動起義，從事戰(zhàn)爭。只有在起義和自己的經濟利益一致時，才會參與。

2、一向宗并非一個軍事組織，缺乏必要的軍事人才。一向一揆靠地方農民組織進行，缺乏有效統(tǒng)領起義的軍事領袖。

3、宗內門徒會之間也有矛盾，使橫向的軍事合作有一定困難，不能依本寺的指令隨心所欲進行。此外，盡管大多門徒表現(xiàn)忠誠。有的門徒還是會出于種種考慮，試圖脫離本愿寺。

4、反信長聯(lián)盟由各種利益不一致的大名和寺院組成，不能達到齊心協(xié)力。他們只是為了反對信長而走到一起。缺乏組織性，缺乏統(tǒng)一的領導，缺乏明確的綱領和統(tǒng)一的軍事策略。

因此，信長能夠以其軍事上的強大，擊破信長包圍網。

本愿寺投降后，顯如遂隱居，由其弟準如接持法門。在正親町天皇天正十九年(1591年)時，在豐臣秀吉之幫助下，于京都崛川六條重新建立新本山(位于京都市下京區(qū)花屋町下ル本愿寺門前町本愿寺)，此后直到今天，都為本愿寺之本山所在。當時，顯如之子教如因不滿其父同信長議和，乃與顯如脫離父子關系，在京都自立山門，立東本愿寺，而準如之本愿寺，稱西本愿寺。至自，本愿寺分為東西兩家，直到今日。準如一脈的西本愿寺法統(tǒng)，被稱為“真宗本愿寺派”，仍以正統(tǒng)自居;教如一脈的東本愿寺法統(tǒng)，被稱為“真宗大谷派”。

之后本愿寺顯如和信長勢力繼承人──豐臣秀吉和解，秀吉在大阪、京都等地方捐地給本愿寺重建，本愿寺這才漸漸回復元氣。但顯如死后，教團內部對立，曾經不遵父命的長子教如跟繼承12代法主之位三子準如兩人存有芥蒂，加上后來掌權者德川家康在背后有意操弄，故意協(xié)助扶植教如建立新寺院。于是本愿寺勢力從此分裂，教如的新流派稱作東本愿寺派、準如這邊則稱作西本愿寺派。