尊攘派由于薩、長兩藩實(shí)行攘夷，聲勢大振。長州藩策動各藩志士浪人聯(lián)系皇室公卿，迫使朝廷親征外夷，壓制反對者。于是朝廷于公元1863年8月13日宣布孝明天皇將到奈良參拜神武天皇陵召開軍事會議后祈禱攘夷。但孝明天皇仍傾向公武合體派。他表示：“權(quán)力下移，終至顛覆治國之基，聯(lián)深憂之?！惫?863年8月，他和上層公卿串通幕府和薩摩、會津的藩士，發(fā)動了“8月18日政變”，尊攘派毫無準(zhǔn)備，措手不及。長州藩的久扳玄瑞、桂小五郎(木戶孝允)和土佐藩的土方允元等，偕同三條實(shí)美等開明派公卿7人逃出京都，退往長州。尊攘派勢力被清除出京都。

各藩尊攘派武士豪農(nóng)紛紛起義，但因沒有取得廣大民眾支持，被幕府鎮(zhèn)壓。公元1863年12月，天皇任命公武合體派大名一橋慶喜、松平慶永、松平容保、山內(nèi)容堂、伊達(dá)忠誠、島津久光為參預(yù)，組成參預(yù)會議，共議國策，公武合體派控制了中央政局。政變后，各藩的尊攘運(yùn)動也遭挫折。土佐藩士武市瑞山等被前藩主山內(nèi)容堂逮捕入獄，并在公元1863年5月令其切腹(見上節(jié))。土佐勤王黨的其他人員坂本龍馬和中岡慎太郎被迫逃離本藩。長州藩保守派卷土重來，控制了藩政，公元1863年底，下令限制“諸隊(duì)”人數(shù)，禁止農(nóng)兵隊(duì)訓(xùn)練。聚集在長州的藩內(nèi)外尊攘派急于扭轉(zhuǎn)頹勢，公元1864年6月，久留米神官出身的真木和泉及久坂玄瑞不顧高杉晉作等人反對，帶兵前往京都。同年7月19日進(jìn)攻宮廷，在右蛤御門(皇宮西門)被松平容保(幕府京都守護(hù))指揮的會津、薩摩兩藩兵擊敗，真木及久坂自殺(“禁衛(wèi)門之變”)。至此，尊攘運(yùn)動事實(shí)上已經(jīng)終結(jié)，中央和各藩的政局表面上都受公武合體派控制。

由于“禁門之變;，長州藩和尊控派被視為叛逆。公元1864年7月，天皇下令由幕府征伐長州藩。幕府糾集中國、四國、九州的35藩兵力，準(zhǔn)備粉碎反幕勢力的基地。英國殖民主義者決定利用這一機(jī)會對公元1863年5月長州炮擊外船的行動實(shí)行報(bào)復(fù)，克服尊攘派阻撓對日貿(mào)易的難局，并奪取新的權(quán)益。英國于公元1864年8月5日聯(lián)合美、法、荷艦隊(duì)，以戰(zhàn)艦17艘、炮288門、兵5000余，大舉進(jìn)攻關(guān)門海峽。奇兵隊(duì)和人民英勇抗戰(zhàn)，但藩政府喪失斗志，四國艦隊(duì)僅3天就功陷下關(guān)(“下關(guān)戰(zhàn)爭”)。8月13日長州藩被迫接受和議：1、優(yōu)待并供應(yīng)通航海峽的外國船只;2、不準(zhǔn)修復(fù)和新建海峽炮臺;3、賠嘗聯(lián)軍戰(zhàn)費(fèi)和未燒下關(guān)市區(qū)的代價(jià)300萬美元，但應(yīng)由發(fā)出攘夷命令的幕府負(fù)擔(dān)。下關(guān)戰(zhàn)爭的結(jié)果，迫使日本對外政策從攘夷轉(zhuǎn)向開國。

下關(guān)戰(zhàn)爭后，圍繞對幕府征討長州藩應(yīng)持方針的問題，長州藩保守派上級武士與尊攘派的斗爭激化，保守派主張向朝廷、幕府“恭順謝罪”，而憑借“奇兵隊(duì)”等“諸隊(duì)”(新軍)力量的高杉晉作、井上馨、伊藤博文等則力主“武備恭順”，即表面順從幕府，如幕府想處罰長州藩，則準(zhǔn)備抗戰(zhàn)。同年9月末的藩政會議上，“武備恭順”主張漸占上風(fēng)。但這時(shí)幕府和長州藩保守派勢力抬頭，保守派見勢不妙，便訴諸恐怖行動，以刺客襲擊井上馨，負(fù)重傷后監(jiān)禁了他。高杉晉作與伊藤博文被迫逃往筑前。當(dāng)11月幕府征長軍逼近長州時(shí)，藩政府命令“禁門之變”的責(zé)任者3名家老自殺。藩主毛利敬親請求寬大處分，幕府命毛利父子：1.呈交親筆謝罪狀;2.破毀山口城堡;3.將三條實(shí)美等公卿送交筑前藩。毛利敬親都接受了。其他各藩尊攘派在反動勢力下都被鎮(zhèn)壓，或死或逃，幕府第一次征長戰(zhàn)爭便告結(jié)束。二、長州藩轉(zhuǎn)向倒幕開國

“8月18日政變”和以后一系列事件證實(shí)了久坂玄瑞在1862年的預(yù)言——“諸侯不足恃，公家不足侍”，使尊攘派認(rèn)識到，依賴保守庸愚的天皇攘夷是不行的。尤其在同殖民主義者直接交鋒后，更了解到不根本推翻腐朽的幕藩體制，擺脫封建束縛，發(fā)展先進(jìn)科學(xué)技術(shù)，建立富強(qiáng)的近代民族國家，決不能克服民族危機(jī)，只有倒幕才是挽救日本的先決條件。以后，尊授派以中國在鴉片戰(zhàn)爭后，因積弱而被列強(qiáng)宰割作為教訓(xùn)，決定奮起自強(qiáng)。自強(qiáng)首先要振興工商業(yè)，實(shí)行開國，擴(kuò)大對外貿(mào)易，以集中政治軍事資金。支持尊攘派的西南豪農(nóng)富商在開港后企圖發(fā)展獨(dú)立自主的經(jīng)濟(jì)，也要求放棄盲目排外政策。在此以前，尊攘派為攘夷而尊王。攘夷是中心口號。到了此時(shí)，根本戰(zhàn)略應(yīng)由攘夷轉(zhuǎn)為倒幕，并為倒幕而要求開國，于是放棄了攘夷論。就這樣，尊攘派變成了倒幕派、這是幕末政治斗爭形勢的第二次轉(zhuǎn)變。

隨著人民反封建斗爭的高漲，倒幕派下級武士在包括地主富商等階層的革新勢力中樹立了更堅(jiān)實(shí)的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)。他們已不再僅僅依靠“草莽崛起”，而致力于依托西南各藩的“割據(jù)富強(qiáng)”，壯大倒幕實(shí)力。

倒幕濃首先控制了長州藩，和上層豪農(nóng)商結(jié)成同盟，通過他們，動員群眾，組織到人民武裝(諸隊(duì))中來。公元1864年12月，高杉晉作等潛返下關(guān)，指揮伊藤博文等率領(lǐng)的諸隊(duì)，發(fā)動了奪取藩保守派權(quán)力的內(nèi)戰(zhàn)。瀨戶內(nèi)海沿岸的豪農(nóng)商支持新軍的斗爭，抵制保守派解散諸隊(duì)的命令。小郡農(nóng)兵隊(duì)創(chuàng)建者豪商秋本新藏鼓勵高杉晉作和兼重讓藏說：“假若你們的部下不能取勝，新藏就發(fā)動農(nóng)民起義，來恢復(fù)國家(指藩)，無論出現(xiàn)任何事情，請兼重先生都不必顧及?！毕筮@樣的草莽志士(豪農(nóng)商、村長、教師、僧侶、神官等)在各地發(fā)揮了很大的宣傳動員作用。他們犧牲一切，為愛國倒幕組織各種民兵隊(duì)，參加到新軍里來。慶應(yīng)元年(公元1865沒)2月，倒幕派獲勝，重掌長州藩權(quán)力。

高杉晉作和木戶孝允進(jìn)行“割據(jù)富強(qiáng)”的改革。他們錄用農(nóng)村醫(yī)生出身精通西方軍事的大村益次郎(公元1824年—公元1869年)改革軍制：一律更換新兵器;解散舊式軍隊(duì)，編成近代步炮兵，大名和藩士的家臣兵卒都脫籍參加;解除主從關(guān)系，更吸收農(nóng)商出身青年，受新式軍事訓(xùn)練;“奇兵隊(duì)”等則作為新軍基干，全部納入藩政府控制下。另一方面，藩廳為防范群眾，又組織以“世祿之士”為中心的“干城隊(duì)”，并禁止組織新的農(nóng)兵隊(duì)，顯示倒幕派武士的局限性。在改革軍制的同時(shí)，從公元1865年10月起，藩政府新建了造船、冶鐵、煉油等藩營手工業(yè)工場。早在公元1864年下關(guān)戰(zhàn)爭失敗后，長州輿論已傾向“開國”。實(shí)行軍事改革和增強(qiáng)軍備，需要大量輸入西洋武器，于是擴(kuò)大商品經(jīng)濟(jì)和對外貿(mào)易。長州和一些外商不顧幕府禁令，進(jìn)行下關(guān)至上海的秘密貿(mào)易。在此期間，長州藩與英國逐漸接近。長州藩的“慶應(yīng)改革”，形式上仍象過去的藩政改革，但實(shí)際上已包含了否定幕藩體制原則，積蓄倒幕的物質(zhì)力量，預(yù)示以后明治政府采取的方向。